3577.22 - Bioinformatikkur í verki


Skeiðsnummar
3577.22
Heiti
Bioinformatikkur í verki
ECTS
7,5
Fortreytir
A) Verða upptikin sum studentur til bachelorútbúgvingina í lívfrøði á Fróðskaparsetri Føroya og fylgja vanligu lestragongdini ella B) Stakgreinalesandi mugu hava hóskandi grundarlag í kyknufrøði og tilsvarandi mýlskum skeiðum, eitt nú 3514 Lívevnafrøði, 3518 Mýlsk kyknulívfrøði I og 3516 Arvalæra, 3576 Mýlsk kyknulívfrøði II.
Endamál
At geva studentunum nøkur amboð, so teir, teoretisk og í verki, eru førir fyri at gera bioinformatiskar analysur av lívfrøðiligum data.
Innihald
Eina innføring í “Next-Generation Sequencing (NGS)” teknikkir, sum verða nýttir til sekvensering á ymiskum stórskala kanningum, so sum genom, exom og RNA. Samanbering av sekvensum. Databasur og leita í teimum. Identifisera, modifisera og kvantifisera proteinir. Virkni og Gene Ontology (t.e., bioinformatisk analysa av identeti, tíð, stað, funktión). Biostatistik og R. Struktuellar (3D) kanningar av proteinum. Genetisk variatión, haplotypur. “Genome-wide association study (GWAS)”, imputation, arviligar sjúkur. Metagenomics og QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology). Phylogeny og MEGA. Design av royndum. Datavernd og etikkur. Lívsleiðin hjá data og data-umhvørvi.
Læru- og undirvísingarhættir
Fyrilestrar, læraraframvísingar, uppgávurokning og orðaskifti. Tað verður staðiliga tilmælt, at tey lesandi eru til fyrilestrarnar, tí har verður givin atgongd til aðrar servarar og ymisk programm verða installerað á teldurnar hjá studentunum. Leiðbeining verður eisini givin í hvussu programmini virka, umframt at tey lesandi eisini sjálvi arbeiða við programmunum. Fyri at kunna gera hetta, er neyðugt undirvísarin í summum førum hevur atgongd til teldurnar hjá teimum lesandi. Gevið gætur, at hesi programmini og externu servarinir kunnu verða partur av próvtøkuni. Til próvtøkuna hava tey lesandi sjálvi ábyrgdina av, at tey neyðugu programmini eru installerað á teirra teldur.
Læruúrtøka
Eftir staðið skeið er studenturin førur fyri at: 1. Geva eina lýsing av, hvussu sekvensir kunnu samanberast, og hvussu samanberingarnar kunnu nýtast til ymisk endamál. 2. Kritisk at meta um úrslitini frá sekvens-samanberingunum. 3. Leita í og taka fram sekvensir, sum eru almannakunngjørdir í sekvens- og strukturdatabasum, so sum GenBank, UniProt, Ensembl og PDB. 4. Lýsa endamálið og tørvin fyri annotering og at nýta nøkur av annoteringsamboðunum, serliga “Gene Ontology” (GO). 5. Við 3D modellum, at sjónliggera, handfara og modulera 3D strukturar av proteinum og vísa, hvørja ávirkan smá molekyl kunna hava á hesi modell. 6. Við støði í MS/MS-spektrum manuelt at áseta sekvensirnar av simplum peptidum og avgera, hvørjum proteinum hesi peptidini stava frá. 7. Analysera MS (MALDI) og MS/MS peptid-spektra við net-baseraðum amboðum, sum eru ætlað til at identifisera og kvantifisera proteinir, og broytingar av proteinum, eftir at hesi eru gjørd. 8. Lýsa bæði góðar og skaðiligar avleiðingar, sum genetisk variatión kann viðføra, og vísa á, hvussu tílíkar variatiónir kunnu ávísast. 9. Skilja og lýsa prinsippini í málrættaðum (16S rRNA og onnur gen) og ikki-málrættaðum “metagenomics”. 10. Lýsa nakrar av meginreglunum innan savnan av sekvensum (tað veri seg transkriptom, genom (íleguhópur) ella annað umfatandi sekvenstilfar) við framkomnari sekvenseringstøkni. 11. Analysera menningarskyldskap: (i) við at lýsa, hvussu DNA- og proteinsekvensir kunna nýtast at ávísa hvussu stigvísar broytingar eru hendar í gen-familjum og nærskyldum artum, og (ii) gera fylogenetiskar analysur, har byrjað verður við einum ella nøkrum fáum nærskyldum sekvensum. 12. Kritisk at meta um: royndaruppsetingar, hagfrøðilig fyrilit, datavernd, lívsleiðina hjá upplýsingunum (data) og tá teir leggja til rættis, at meta um etisk viðurskifti í samband við kanningarnar.
Próvtøkuháttur
Sameining av 1) Góðkendum kravdum venjingum, framløgum og øðrum uppgávum, sum studentarnir fáa og 2) skrivligari próvtøku, har próvtal verður givið. Viðv. 1) Allar tær kravdu uppgávurnar skulu verða latnar inn til avtalaðu tíðina og verða góðkendar av læraranum. Viðv. 2) Skrivlig próvtøka í seks tímar. Øll hjálpiamboð eru loyvd, eisini internetið. Studenturin hevur egna teldu við. Próvtøkan er sjálvstøðug og tí er ikki er loyvt samskifta við hinar studentarnar, ella við onnur, undir próvtøkuni. Studentur, sum áðrenn próvtøkuna ikki hevur fingið allar tær kravdu uppgávurnar góðkendar, kann fara til skrivligu próvtøkuna, men tá verður próvtalið ikki givið, fyrr enn kravdu uppgávur eru góðkendar. Um neyðugt verður við endurpróvtøku, verður hendan næstu fer skeiðið verður hildið, og tá skal studenturin fylgja umaftur. Tað kann henda seg, at pensumið tá er broytt eitt sindur, í mun til tað sum var upprunaliga.
Próvdøming
Innanhýsis
Próvtalsstigi
7-talsstigin
Lestrarlisti
Fyrilestrar og tilfar, sum er útflýggjað til undirvísingina, eru grundarlag undir pensuminum. Ein partur av pensuminum kan verður tikin frá bókini: Jonathan Pevsner (2015) Bioinformatics and Functional Genomics. 3ed. Wiley Blackwell. ISBN: 978-1-118-58178-0 Gevið gætur, at bókin er meira ætlað sum stuðul, heldur enn lærubók.
Ábyrgd
Svein-Ole Mikalsen