Ikki er altíð so einfalt at finna røttu leiðina í genominum.
20.03.2020
Náttúruvísindadeildin Til lesandi
Skriva út

Ruðuleiki í ílegunøvnum á fiski

Svein-Ole Mikalsen, Marni Tausen og Sunnvør í Kongsstovu hava útgivið vísindaliga grein við heitinum “Phylogeny of teleost connexins reveals highly inconsistent intra- and interspecies use of nomenclature and misassemblies in recent teleost chromosome assemblies” í tíðarritinum BMC Genomics.

Greinin, ið er á enskum, kann lesast í fullari longd her.

Tá vit fara á bókasavnið, finna vit lættliga ta røttu bókina, tí bókasavnið hevur góðar skrásetingarskipanir við yvirlitum yvir hvørja bók. Hesi yvirlit innihalda kunning um bøkurnar, so sum heitið á bókini, hvør rithøvundurin er, nær bókin er givin út.  Á sama hátt vilja vit hava rættar opplysningar, tá vit koyra í fremmandum, ókendum londum: vegskilti, kort og veruleiki eiga at samsvara. Vi vilja hava rætta navnið á býnum og rætta longd á teininum. Er Klaksvík til høgru ella til vinstru? Eru tað nógv støð, sum eita Klaksvík? Hvar er Klaksvágur? Hvar er Klakseiði? Er tað Eiði? Ella er tað skeivt samansett og eigur at vera Vágseið?

Ryggdjór, so sum menniskja og sild, hava langar og torskildar arvastreingir. Ein kann ímynda sær, at arvastrongurin er sum eitt bókasavn við arvaeginleikunum hjá tí einstøku veruni. Ílegurnar á arvastronginum kunnu samanberast við bøkur í hesum bókasavni, og at hava góð yvirlit yvir ílegurnar er umráðandi. At gera slík yvirlit yvir ílegur, t.e. finna ílegur á arvastronginum, navngeva tær og finna teirra funktión verður kallað ‘annotatión’.  

Tað eru einfaldar altjóða leiðbeiningar fyri, hvussu nýggjar ílegur vera navngivnar. Í høvuðsheitinum kunnu hesar leiðbeiningar styttast til tríggjar reglur.
(i) Eingin ílega í somu veru skal hava sama navn.
(ii) Tann sama ílegan í tveimum ymiskum verum/ættum skal hava sama navn.
(iii) Ílegunøvnini skulu taka útgangsstøði í ílegunum hjá menniskjanum.

Í hesi grein hava vit kannað fleiri fiskasløg, og hugt eftir einum bólki av ílegum, sum verður kallaður connexinur. Vit kannaðu fiskaconnexinílegurnar, sum vóru skrásettar í tveimum av heimsins størstu ílegu-dátugrunnum (GenBank og Ensembl). Kanningarnar vístu, at navngevingin av hesum ílegum hjá fiski var fløkt, fylgdi ikki altjóða leiðbeiningunum fyri ílegunavngeving og í summum førum var beinleiðis skeiv. Vit funnu til dømis eina menniskjaconnexinílegu, sum var navngivin sum ein heilt onnur ílega.

At hava røttu nøvnini fyri ílegur er týdningarmikið, tá vit royna at greina, hvussu ílegur og arvaeginleikar virka við at samanbera ílegur frá fleiri verum. Um nøvnini ikki eru røtt, so samanbera vit ikki tær ílegurnar, sum vit halda. Hetta kann samanberast við at fara á bókasavnið at lána bókina Fiskimenn eftir Martin Joensen, men fáa bókina Pride and Prejudice eftir Jane Austin, tí feilur er í yvirlitinum á bókasavninum.

 

Arbeiðið er stuðlað av Granskingarráðnum, Fiskivinnuroyndum, Statoil Føroyum, Nótaskipi og danska Innovationsfonden, og er ein partur av ph.d.-verkætlanini hjá Sunnvør.
Granskingin er gjørt á Fróðskaparsetrinum, har Svein-Ole er professari í mýlskari lívfrøði, Sunnvør er ph.d.-studentur og Marni tók BSc í lívfrøði í 2015.